對于制冷量大，全年運行時間長的制冷裝置，明顯運行管理費的高低非常重要，甚至比初期投資更加重要。所以我們應該針對實際工程做出比較全面的考慮，從而選擇合適的冷水機。
氨系統(tǒng)由于很難實現(xiàn)自動控制，所以不能達到運行工況調節(jié)，導致制冷效率低，能量損失比較多。
氟系統(tǒng)可以實現(xiàn)自動控制，包括最好運行工況的調節(jié)、蒸發(fā)器供液量調節(jié)、冷卻溫度及蒸發(fā)溫度的調節(jié)、自動融霜、冷凝壓力自動調節(jié)、冷水機自動啟停及能量調節(jié)、制冷輔助設備的自動控制等，這就使的氟機可以根據實際情況進行能量的調節(jié)和機組啟停的自動化控制管理，這非常提高了制冷效率，同時也使運行費用降低。
小的溫差對降低庫房儲藏食品的干耗也是非常有利的。因為小的溫差能使庫房獲得較大的相對濕度，能減緩庫房內空氣中熱質交換程度，從而達到減少儲藏食品的干耗。氨制冷系統(tǒng)由于難于實現(xiàn)自動控，庫房溫度波動幅度較大，容易引起食品干耗；而氟制冷可以實現(xiàn)制冷工況自動調節(jié)，庫房溫度穩(wěn)定，從而達到減少或避免溫差所帶來的干耗現(xiàn)象。
當制冷系統(tǒng)負荷不穩(wěn)定時，因為氟系統(tǒng)冷水機組為多機頭構成，機組會根據系統(tǒng)負荷自動開停部份壓縮機和冷卻水泵及冷凝風扇。因此當制冷系統(tǒng)負荷不穩(wěn)定時，氟系統(tǒng)比氨系統(tǒng)節(jié)省電力。當設備運行過程中，隨著外界外界負荷大幅度的變化，雖然螺桿式壓縮機可以采用滑閥來調節(jié)其輸氣量，調節(jié)中氣體的壓縮功隨著輸氣量的減少而成正比地減少，但作為整臺壓縮機來說，運轉中的機械損耗幾乎仍然不變。因此在同一系統(tǒng)中采用多臺螺桿式壓縮機并聯(lián)來代替單臺機運行，在調節(jié)工況時，其實可以節(jié)省功率，特別是在較大輸氣量的系統(tǒng)中尤為有利，比如在四臺主機的并聯(lián)機組中，當制冷量調節(jié)至75%時，主機可以停開一臺，這時四臺主機組成的并聯(lián)機組比單臺機組節(jié)能42%.
多臺主機并聯(lián)運行機組不但對工況調節(jié)帶來好處，同時也帶來其它一系列的優(yōu)點：其一是可以用較少的機型來滿足不同輸氣量的需要，便于制造廠生產，降低成本；其二是使用中可以逐臺啟動主機，對電網沖擊小；其三是運轉效率可以提高，當其中某一臺主機出現(xiàn)故障時，可以單獨維修而系統(tǒng)還可以維持運轉，不影響生產。
系統(tǒng)無效制冷消耗比較：氨系統(tǒng)設置在常溫環(huán)境的低溫設備較多，主要有中間冷卻器、再冷卻器、氨液分離器、低壓循環(huán)桶、集油器、氨泵及相應的閥件和旁通閥、供液、回汽管路；氟系統(tǒng)設置在常溫環(huán)境的只有回汽管路、分液器，且氟系統(tǒng)為蒸發(fā)，氨系統(tǒng)為不蒸發(fā)，同樣大小的系統(tǒng)，氨系統(tǒng)管路比氟系統(tǒng)管路通徑大3～4倍，分液器容積氨系統(tǒng)比氟系統(tǒng)大60倍以上。
同時由于氨的毒性特性，一旦泄漏時，會危及人身安全或使食品受損，所以氨制冷系統(tǒng)不可采用直接冷卻方式，只能采用間接冷卻方式，間接冷卻方式是冷間的空氣不直接與制冷劑進行熱交換，而是與冷卻設備中的載冷劑進行熱交換，之后帶有一定熱量的載冷劑再與制冷劑進行熱交換的冷卻方式。間接冷卻系統(tǒng)常用的冷媒是水、鹽水。間接冷卻方式的裝置較多，費用高；且鹽水對金屬有腐蝕作用。由于存在二次傳熱溫差，即制冷劑冷卻載冷劑，載冷劑再冷卻庫房內的空氣或貨物，熱交換效率較低，能量損失大。使經濟性下降，因此只有在特定情況下，不宜直接使用制冷劑的地方（如鹽水制冰、空調系統(tǒng)中）使用。
直接冷卻方式是指冷卻設備在庫房內，制冷劑在冷卻設備中直接吸收庫內熱量而蒸發(fā)，從而使庫溫下降的冷卻方式。直接冷卻方式的特點是：!制冷劑在蒸發(fā)器內直接蒸發(fā)吸熱，發(fā)生相態(tài)變化，傳熱溫差只有一次，能量損耗?。?/font>"與間接冷卻方式比較，系統(tǒng)簡單，操作管理方便，投資及運行費用都較低。
