1. 按照定位級別分類。可以分為學生級、實驗級、研究級生物顯微鏡。

2. 按照目鏡的個數(shù)分類。可以分為單目型、雙目型、三目型生物顯微鏡。

按照目鏡個數(shù)分類

3. 按目鏡和移動臺的相對位置分類?？梢苑譃檎蒙镲@微鏡和倒置生物顯微鏡。正置(常規(guī))生物顯微鏡的物鏡在移動臺的上方，倒置生物顯微鏡的物鏡在移動臺的下方。

按照目鏡和移動臺相對位置分類

4. 按成像原理分類?？梢苑譃楣鈱W生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。

光學顯微鏡主要由目鏡、物鏡、載物臺和反光鏡(集光鏡)組成。目鏡和物鏡都是凸透鏡，焦距不同。物鏡的凸透鏡焦距小于目鏡的凸透鏡的焦距。物鏡相當于投影儀的鏡頭，物體通過物鏡成倒立、放大的實像。目鏡相當于普通的放大鏡，該實像又通過目鏡成正立、放大的虛像。經(jīng)顯微鏡到人眼的物體都成倒立放大的虛像。