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飼用酶工程團(tuán)隊(duì)開發(fā)出提高糖苷水解酶催化效率的新策略

2023-10-24 09:05:24 來源:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所 編輯: 田健 閱讀量:10409

  近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所姚斌院士團(tuán)隊(duì)和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所微生物蛋白設(shè)計(jì)與智造創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)合作,開發(fā)了基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和分子進(jìn)化分析,提高糖苷水解酶催化活性的新策略。相關(guān)研究成果發(fā)表在《科學(xué)通報(bào) (Science Bulletin)》。
 
  糖苷水解酶是降解多糖的主要酶系,在食品行業(yè)、飼料行業(yè)、農(nóng)副產(chǎn)品加工和農(nóng)副產(chǎn)品廢品降解等領(lǐng)域應(yīng)用廣泛,具有重要的應(yīng)用價(jià)值。市場對糖苷水解酶的需求量逐年增加,但提高糖苷水解酶的催化效率,發(fā)揮其最大催化潛力仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。
 
  該研究首先從碳水化合物活性酶數(shù)據(jù)庫(Carbohydrate-Active enZYmes Database, CAZy)數(shù)據(jù)庫中收集整理了119個(gè)糖苷水解酶家族的蛋白序列,建立了能夠識(shí)別糖苷水解酶家族和功能殘基的深度學(xué)習(xí)模型DeepGH,通過10倍交叉驗(yàn)證結(jié)果顯示DeepGH模型的預(yù)測準(zhǔn)確率為96.73%。隨后利用梯度加權(quán)類激活圖譜(Gradient-weighted Class Activation Mapping, Grad-CAM)方法提取分類相關(guān)特征,結(jié)合序列進(jìn)化信息對突變體進(jìn)行設(shè)計(jì),最后獲得了具有7個(gè)氨基酸突變位點(diǎn)的殼聚糖酶突變體CHIS1754-MUT7。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,CHIS1754- MUT7的催化效率( k cat/ K m)是野生型的23.53倍。該蛋白理性策略計(jì)算效率高,實(shí)驗(yàn)成本低,具有顯著的優(yōu)勢,為酶催化效率的智能設(shè)計(jì)提供了一種新的途徑,具有廣泛的應(yīng)用前景。
 
  中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所黃火清研究員、田健研究員和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所關(guān)菲菲副研究員為論文共同通訊作者,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所劉汗青、關(guān)菲菲、劉拓宇和楊麗鑫為論文共同第一作者?!?a target="_blank">閱讀原文】 

 作者:田健

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